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1956年，中央提出向科学进军的号召，随着第一个科学发展长远规划的实施，到处需要科学人才，大学生来源更显不足。1957年院党组决定，利用自身人才优势，创办一所新型大学，自行培养科研急需的大学生，以缓解供需矛盾。1958年6月，这一建议得到中央批准，中国科学技术大学开始筹备建校，具体事宜由中国科学院副院长郁文主持进行。学校成立后，郁文兼任第一任党委书记。

在中央关怀和中国科学院内外大力支持下，在以郁文为首的学校领导班子组织指挥之下，学校在仅仅三个半月的筹办时间内，解决了校舍、师资、教学设备等问题，建立了学校组织和工作制度，确立了系科设置，草拟了教学计划，完成了招生任务，开办了5个实验工厂，初步建立了工作秩序，保证学校在1958年9月20日正式开学。到1959年元旦，学校师生就在实验工厂中生产出电子计算机、计算管、定标器、石油钻探自动调节器、半导体晶体管、阴极射线示波器、模型火箭等多种科学仪器设备。

在郁文担任党委书记期间，学校积极从事教学改革工作。学校注意调节师生关系，形成一种教学相长的良好氛围；要求教师紧密结合实际，因材施教；组织教师自编教材，充实教学内容；要求教师编写教学大纲，交给学生讨论后再修改使用；要求青年辅导教师和同学们一起生活进行深入的辅导；在与教学相结合的基础上建设实验工厂，提供条件让教师从事科学研究工作。1961年8月党委会上，郁文提出了“一切为了教学工作”，要求全校在建校以来的工作成绩上整顿教学工作，从充实教学内容、培养教师队伍、增添图书设备、编写教材、制定教学计划、培养学生学风等方面进一步推动教学改革，提高教学质量。

郁文善于在工作中学习。在到中国科大之前，他没有从事高等教育工作的经验，认为自己是外行，所以总是在工作实践中多钻研，注意吸收别人的实践经验，同时也要求身边的干部在工作中学习，多向有教学经验的同志请教。

郁文十分关心学校的思想政治工作。他善于发挥领导集体的智慧，他认为集体领导就是要集中大家的智慧，同时要尊重个人负责某方面的工作，不是原则问题不要争论，放手让副校长晋曾毅、严济慈全面负责学校的日常教学工作；他要求领导班子成员之间要注意团结，有问题公开谈，不要暗斗，严于律己，宽以待人，对工作要主动地负起责任，雷厉风行地解决问题；他要求领导干部要有深入下去的工作作风，要经常深入到系、班、小组中去了解情况，不要光听汇报；他要求党、团工作干部和学生同吃同住，保持抗大的优良作风，助教要努力学习，尽快走上讲台。

郁文关心同学们的思想、学习与生活。他亲自安排对学生的学业水平、思想状况进行深入的了解和研究，并针对同学中出现的种种不良思想认识，组织人员进行专门的帮助和教育，鼓舞了同学们的学习情绪，成效显著；针对有的同学有畏难情绪，他告诫同学们不要害怕尖端，任何尖端都是建筑在坚实的基础之上的，掌握它了就没什么可怕的，原子弹、放射元素都不可怕，电在没有掌握之前也是可怕的，掌握它就为人类服务，同学们要有攀登科学高峰的勇气；郁文经常鼓励同学们多掌握在几门外语，学习西方国家水平较高的科学研究方向，了解他们新的科学知识，吸收他们的科学研究成果；针对部分同学提出转系要求，郁文答应会尽量照顾同学们的志愿，但是不能过分强调个人兴趣，要服从国家需要分配专业；针对有些同学一考取大学就骄傲的现象，告诫同学们不要飘飘然，应该不断吸取别人的经验，追求进步；郁文要求同学们艰苦朴素，但不要马马虎虎，接受严格的劳动锻炼，培养优秀的意志品质，继承抗日军政大学的传统；郁文要求同学们安心学习，尊敬老师，有意见就提，与老师打成一片。1960年学校开展了“反不良倾向”运动，主要是解决部分同学平时生活中的浪费、盗窃等小问题，结果运动过头，很多学生背上思想包袱，甚至有同学为此自杀，郁文发现这一问题后，立即召开党委会，批评了具体执行工作人员，中止了这一运动，给受到不公正待遇的同学卸下了思想包袱。

郁文同志任科大党委书记期间，科大调入了一批当时因为政治问题被其他高校或研究单位扫地出门的年青教师，为“科大发了一笔洋财”。

1959年4月，中国科大第一次党代会召开，郁文在会议上提出了学校在今后一段时期内的发展目标和具体任务。他满怀期望地宣布：“我们要逐步巩固提高，认真做到教师教的好，学生学的好，职工工作好，大家思想好、劳动好，共同努力，争取三年打好基础，五年成型，为把我校建设成为共产主义大学而奋斗”，并提出几条具体建议：1、健全党委的集体领导，开展批评与自我批评，发挥集体指挥，建立党委领导下的校务委员会制度，明确校党委和校委会的分工；2、加强师生员工的思想政治工作，建立民主平等团结、互相尊重、互相促进的师生关系，在教学相长的原则下，充分发挥教师在教学中的主导作用。3、以提高教学为中心，结合生产劳动，开展科学研究工作，使科学研究、生产劳动与教学更好地结合起来，培养德、智、体全面发展的科学技术人才。4、合理安排师生员工的生活，逐步改善师生员工的生活条件，给予教师充分的备课和自修时间，给予同学们足够复习巩固与阅读课外读物的时间。5、加强学校的物质建设，完成校舍扩建工作，筹建各系实验室，增添图书仪器，充实校办实验工厂。

郁文为办好科大倾注了很大心力。他坚持办校方针，按照三年打基础、五年成型的目标，团结全校师生员工艰苦奋斗，辛勤创业。他重视党的建设和政工队伍建设，积极推动政治思想教育活动，树立良好校风、学风。他经常到校同教职工和学生谈话，还和郭沫若一起邀请老一代革命家到校作报告，聂荣臻、陈毅都不止一次到校并讲话。1963年4月，郁文卸任中国科技大学党委书记职务。

1978年，郁文出任中国科学院秘书长。他领导完成了中国科学院的调整、整顿工作，使中国科学院的科学研究工作从“文化大革命”的阴影中迅速走了出来；努力争取到国家计划和社会各个方面的支持，为中国科学院的科研工作提供了较好的物质条件；学习国内外先进经验，推进了中国科学院的管理制度改革，极大提高了管理效率。郁文担任中国科学院秘书长职务时，实际上是科学院的“总管家”。他虽已年逾花甲，依然经常提前半小时左右来到办公室。他坚持从实际出发贯彻执行中央的方针政策，胸有全局，脚踏实地，既抓实际问题，又抓思想认识问题。他尊重科学家，支持科学家，同科学家院长们团结合作，协调默契。他对手下干部，既严格要求，又放手工作，办事时一丝不苟，不允许应付了事，闲暇时有说有笑，还可以开上几句玩笑。

1979年初，郁文任中国科学院党组副书记。1982年4月奉命调离科学院，任职中宣部常务副部长。1986年4月任全国人大常委会委员兼民族委员会副主任。1989年任中国社会科学院党组书记。1995年担任中国地方志指导小组常务副组长。

1963年，郁文离开科大，却始终关心科大的发展，他分管中国科学院教育工作，给予科大一如既往的支持。1975年，郁文复职科学院副秘书长后，极为关注科大在合肥的情况，多次与科大领导举行座谈会，提出许多怎样办好学校的建议。他鼓励学校领导办学不要保守，要先迈步走一走，闯出一条路，把学校办成培养科技人才和干部的基地；学校要培养基础扎实的创新人才，方便他们在以后的工作中改变方向；他要求学校总结经验，拿出具体方案，向科学院汇报，这直接导致了1975年10月《关于中国科学技术大学几个问题的请示报告》（即代拟稿）的出台；他鼓励学校领导要敢于向前走，不要害怕批判，搞错了就批判他这个后台。他也在科学院为科大争取了较多的科研经费和设备，要求恢复科学院研究所的研究人员到科大讲课的传统，表示科学院下决心把科大办好。

1978年9月，郁文主持中国科学院秘书长办公会议，讨论决定：科学院抓紧完成科大研究生院的基建任务；研究生院要以主要精力做好开学准备工作，上报长远办学规划；同意成立科大北京管理处，安排高年级学生来京各个研究所进行学习和研究。1978年10月，科大研究生院成立，郁文在开学典礼上对研究生院建设提出了具体要求，要国内科学家担任指导教师和授课，引进国外著名大学课程和教材，聘请不同学派的国际著名学者讲学，开展研究生学术活动，发挥研究生的自主、自觉学习和探索能力，树立实事求是的好学风，培养能够独立从事科研工作的创新型人才。

1981年3月，郁文担任严济慈校长领衔的中国科大校务委员会副主任委员。同年7月，郁文在与科大同学座谈时提出，学校教师队伍不要都是科大毕业生，要从全国著名高校中引进一些人，互相交流，远缘杂交，这样可以活跃学校的学术气氛。他也给了同学们许多忠告，生活上不要拼命装洋，要了解时事，不要做书呆子，在科学研究上要有吃苦精神，要学会写文章。

1981年10月，郁文随同严济慈校长到学校检查工作，与学校师生座谈，提出学校建设要有长期规划，学校体制、招生规模、系科设置、师资队伍、实验室建设、教材体系、宿舍楼建设都要纳入整体规划之中，科学院一定满足学校建设的合理要求。他还要求学校搞好与国际上著名大学的合作，派人去学习，特别提到与日本的合作已经列上了中日文化合作协定，一定要准备好，请他们协助创办几个高技术科学系，提高科大的工科水平。10月23日，郁文在全校大会上说：科大原来的办校方针是“全院办校，所系结合”，现在科大迁到合肥，还能不能全院办校，有人产生怀疑。我说要统一一下思想，这个总方针不能变，但在新形势下，有新内容，新做法。我主张，关键学科在科大设立一些系和专业，对口科学院研究所，互相配合。不能等着人家来办校，学校要主动地有计划地组织，把全院现有的科技力量，著名的科学家，最新的研究成果，组织到我们学校的教学中来。他说，国外许多名牌大学都不在首都，科大在合肥照样能办好。科学院只有科大这个“独生子”，因此很重视。在经费、设备上给科大很照顾。没有“全院办校，所系结合”的方针，科大是办不起来的，取得这样大的成绩也就很难想象。科大和全院都要注意发挥科学院办学的特点、优势，请哪些人讲学，有些什么问题，都可以告诉院里，不要认为到所里是求人，话不好讲。对学校的要求，院里也要当作任务来确定，主动争取配合。

1986年5月，郁文为科大八一级毕业生题词：希望中国科技大学毕业同学在祖国四化建设的各条战线上做出更大贡献。

1988年9月20日，中国科技大学校友总会成立，郁文担任校友总会会长，继续为建设中国科技大学贡献力量。

1998年9月，郁文亲赴合肥参加建校四十周年庆典，被选为校友总会名誉会长，并为建校四十周年题词：“继承优良传统，发扬创业精神，总结实践经验，培育时代新人，发展科学技术，攀登世界高峰，科教兴国大业，大家奋勇前进。”

郁文，于2010年4月1日上午10点10分在北京医院逝世，享年92岁。